El agua, la montaña abrupta, las cuevas... El Fai ha atraído los hombres a lo largo de los siglos por su singularidad y la óptima situación para la defensa del valle.
La historia del Fai se remonta al neolítico. Se han encontrado muchos indicios que la zona albergaba pequeños poblados ibéricos. Además de algunas documentaciones de la época romana relacionadas con los pueblos de Bigues y Riells, la primera referencia concreta del Fai data del año 887. Se trata de un documento que hace referencia explícita a la ermita románica de Sant Martí, la cual parece que tuvo bastante importancia en la zona hasta el siglo IV. Pero las masías de los alrededores se fueron despoblando, y la ermita perdió peso ante la singular Iglesia de Sant Miquel, debajo de la gruta..
De esta pequeña iglesia se han hallado referencias del año 997, y se cree que pudo haber sido un lugar de cultos paganos mucho antes de convertirse en iglesia. Aunque no se sabe con exactitud la fecha de su construcción, es la iglesia troglodítica de estas características más valiosa y mejor conservada de todo el país.
Fue precisamente en 997 en que los Condes de Barcelona donaron al caballero Gombau de Besora, parte de la zona de la Iglesia de Sant Miquel y un poco de tierra del Fai para que éste pudiera fundar allí un monasterio. El caballero de Besora era un gran devoto de la peculiar iglesia surgida de la naturaleza y dedicó gran parte de su vida a convertir el lugar en uno de los monasterios más importantes de todo el Condado y toda la Corona Catalana.
Por algunos pequeños indicios, se cree que la casa primitiva de los monjes estaba situada a poca distancia de la capilla en dirección a la cascada del río Tenes.
En 1006, la iglesia fue consagrada y Gombau hizo una importante donación para que empezara la construcción del edificio de la Casa Monasterio delante de la gruta. Pero la que ahora se conoce como la Casa del Priorato no fue construida hasta principios del siglo XV.
A lo largo de esos primeros años, el propio Gombau, los Condes de Barcelona y otros señores feudales donaron tierras para aumentar la importancia del monasterio. De todas formas, seguía siendo un monasterio pequeño, el número de monjes no llegaba a diez. Preocupado por su subsistencia, sobretodo cuando él faltara, Gombau donó el monasterio del Fai al famoso monasterio provenzal de San Víctor de Marsella.
Este hecho se producía en el año 1042, y durante los siglos siguientes, el Priorato del Fai se mantuvo gracias al soporte y la vigilancia de la abadía madre.
Pero Marsella fue perdiendo importancia dentro de la Iglesia, y en 1567, el Papa puso el Fai bajo la tutela de la Catedral de Girona, época en que se construyó el puente sobre el Rossinyol y el paso de la Foradada, ya que hasta entonces se llegaba hasta el monasterio por un difícil paso con escalones conocido como las Escaleras de Sant Miquel.
Con el paso de los años, cada vez quedaban menos monjes y el año 1832 se abolió completamente el Priorato del Fai. Desde entonces y hasta 1935, los párrocos de Riells continuaron el culto en algunas celebraciones, sobre todo en verano.
Por lo que se refiere a la Casa del Priorato, los últimos años fue un hostal. A pesar de eso y del paso del tiempo, el edificio conserva su disposición original, y es uno de los edificios góticos más bonitos que se conservan íntegros en Cataluña.